Uma misteriosa epidamia chamada Dependência Infa Pira (IPD) tem causado a morte das Reyvateils na ilha voadora de Metalfass. Croix, um jovem cavaleiro da Igreja de Pastalia é enviado para conter a epidemia. Entretanto, muitos outros desafios o aguardam, o que o leva a desvandar os mistérios do planeta Ar Ciel e procurar sobre a origem da população de Metafalss: a canção perdida de Metafalica

Ar Tonelico: Melody of Metafalica é um RPG que segue o sistema de seu anterior, com um sistema de combate um pouco mais arrojado, uma soundtrack orquestrada e traços e personagens carismáticos, o jogo proporciona uma experiência única, desde um gamer casual ao mais badalado dos rpgistas.